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La zone non saturée : un organe invisible au cœur de la qualité de l'eau

La zone non saturée du sol : le monde invisible sous nos pieds

Quand la pluie tombe sur un champ, une forêt ou un jardin, nous voyons l’eau ruisseler, s’infiltrer, disparaître. Ce que nous ne voyons pas est souvent le plus déterminant. Sous nos pieds se trouve un compartiment discret, méconnu, et pourtant essentiel à la qualité de l’eau que nous buvons : la zone non saturée.

Située entre la surface du sol et les nappes souterraines, cette zone constitue un continuum dynamique, une zone qui évolue en permanence et dont les propriétés (chimiques, pression, température) changent de façon continue, reliant les activités humaines aux eaux profondes. Elle n’est pas une frontière étanche, mais un espace de transition où interagissent eau, gaz, minéraux, racines et micro-organismes. Ses pores contiennent à la fois de l’air et de l’eau, ce qui en fait un milieu vivant, réactif et évolutif. C’est un véritable espace de transition soutenant des processus physiques, chimiques et biologiques qui atténuent et transforment une partie des pollutions diffuses, protégeant la ressource en eau potable [1].

Chaque goutte d’eau qui pénètre dans le sol commence ici un voyage souterrain dont l’issue dépend largement de l’état de cette zone. Contrairement à une idée répandue, l’eau ne s’écoule pas comme dans un tuyau : elle progresse lentement, parfois pendant des mois ou des années, selon la nature du sol et les conditions climatiques. Cette durée, appelée temps de résidence, est fondamentale. Elle permet des interactions multiples entre l’eau, les constituants du sol et les micro-organismes.

La zone non saturée agit ainsi non seulement comme un filtre, mais comme un véritable réacteur biogéochimique lent : un milieu où les processus biologiques (activité des micro-organismes), chimiques (réactions entre molécules) et physiques (circulation de l’eau) interagissent en permanence. Dans ce réacteur naturel, les composés azotés, issus des engrais de synthèse utilisés par les agriculteurs et servant à améliorer la croissance et le rendement des végétaux, et les pesticides peuvent être transformés, partiellement dégradés, immobilisés ou, au contraire, stabilisés.

L’eau de pluie est rarement pure lorsqu’elle pénètre dans le sol. En traversant l’atmosphère, puis la surface des sols agricoles ou urbains, elle se charge en diverses substances. Les nutriments issus des engrais, en particulier les nitrates (une forme d’azote facilement assimilable pour de nombreux végétaux), ainsi que les résidus de produits phytosanitaires (ou pesticides) et leurs produits de transformation (ou métabolites), issus de leur dégradation, font partie des substances susceptibles d’être entraînées vers les profondeurs avec l’eau d’infiltration. Les nitrates, très solubles dans l’eau et peu retenus par les particules du sol, peuvent migrer facilement à travers la zone non saturée lorsque les apports dépassent les besoins des cultures [2]. Les pesticides, selon leurs propriétés chimiques (dont leur solubilité et leur affinité pour la matière organique), peuvent soit être partiellement retenus et dégradés, soit poursuivre leur transfert vers les couches plus profondes avant d’atteindre la nappe [3]. Dans les zones agricoles, notamment après les périodes d’épandage (les périodes pendant lesquelles on peut appliquer des produits comme des engrais ou des pesticides) suivies de pluies importantes, ces substances peuvent s’infiltrer rapidement. Si les capacités naturelles d’atténuation du sol, c’est-à-dire les mécanismes d’adsorption, dégradation microbienne ou transformation chimique, sont insuffisantes ou dépassées, les nitrates et pesticides peuvent ainsi atteindre les nappes souterraines. Or, ces nappes associées aux aires d’alimentation de captage (les zones qui alimentent en eau une source de forage ou un puits destinés à la consommation) constituent une source majeure d’eau potable dans de nombreux territoires, rendant la maîtrise de ces transferts essentielle pour la protection durable de la ressource. La question est donc cruciale : que devient cette pollution potentielle lorsqu’elle traverse la zone non saturée ?

La compréhension de cette zone invisible progresse grâce aux scientifiques qui cherchent à décrypter ce qui se joue réellement lorsque l’eau et les polluants traversent le sol. Pour cela, ils mobilisent des outils d’une grande finesse, comme les isotopes : de véritables « signatures chimiques ». Ces variations naturelles permettent de retracer l’origine d’une molécule et de suivre son devenir au fil de son parcours souterrain. Elles aident à distinguer une simple dilution ou un déplacement d’un polluant d’une transformation réelle, parfois irréversible [2-4].

En parallèle, les chercheurs développent des modèles numériques capables de reproduire le fonctionnement du sol, un peu à la manière de simulateurs. Ces outils intègrent les propriétés physiques, chimiques et biologiques des sols afin de prévoir l’évolution de la qualité de l’eau dans le temps et de savoir, par exemple, pendant combien de temps les eaux souterraines resteront contaminées [5].

En combinant observations fines et modélisation, ces travaux rendent visibles les mécanismes complexes qui opèrent sous nos pieds et fournissent des outils concrets pour anticiper les risques et mieux protéger durablement les ressources en eau.

Un filtre naturel aux multiples mécanismes

La zone non saturée agit comme une barrière naturelle grâce à plusieurs mécanismes complémentaires. D’abord, un effet physique. Le sol ralentit l’écoulement de l’eau. Les particules solides forment un labyrinthe dans lequel les molécules doivent circuler.

« En parallèle, les chercheurs développent des modèles numériques capables de reproduire le fonctionnement du sol, un peu à la manière de simulateurs. »

Ce ralentissement limite les transferts rapides vers la nappe et favorise les interactions avec les constituants du sol.

Ensuite, des processus chimiques interviennent. Certaines molécules peuvent subir un processus d’adsorption au cours duquel elles se retrouvent fixées à la surface des minéraux, en particulier des argiles et de la matière organique. Cette adsorption ne signifie pas toujours une disparition définitive, mais elle réduit la mobilité des contaminants et peut retarder leur migration.

Enfin, les processus microbiologiques sont déterminants. La zone non saturée abrite une intense activité microbienne. Bactéries, champignons et autres micro-organismes utilisent la matière organique comme source d’énergie et peuvent transformer, voire dégrader, certains polluants. Ces transformations modifient parfois la structure des molécules, réduisant leur toxicité ou leur persistance.

Ainsi, le sol n’est pas un simple filtre passif. C’est un système vivant et dynamique, capable d’atténuer une partie des pollutions grâce à l’interaction entre processus physiques, chimiques et biologiques.

La zone non saturée agit ainsi comme un réacteur où interagissent cycle de l’azote et devenir des molécules phytosanitaires. Les mécanismes en jeu sont multiples et interdépendants :

– ralentissement physique de l’infiltration ;

– adsorption sur les argiles et la matière organique ;

– transformations microbiennes liées au cycle de l’azote ;

– interactions entre humidité, oxygénation et activité biologique.

Le fonctionnement de cette zone est donc multifactoriel : chaque paramètre influence les autres.

Une capacité d'atténuation limitée (ou fragile) et des conséquences sur l'eau potable

Cependant, cette capacité d’atténuation a des limites et évolue dans le temps. Les contaminants peuvent être séquestrés durablement dans la zone non saturée, qui devient alors une zone d’accumulation. La capacité d’adsorption des sols n’est pas infinie. Une fois les sites de fixation saturés, les molécules peuvent redevenir mobiles. De même, l’activité biologique dépend de nombreux facteurs : disponibilité en matière organique, humidité, température, oxygénation.

Un sol compacté par le passage répété d’engins agricoles, appauvri en matière organique ou soumis à une érosion importante, perd progressivement une partie de ses fonctions. La porosité (l’espace vide dans un sol où peut se loger l’eau) diminue, l’infiltration devient plus rapide ou plus irrégulière, et les capacités de transformation biologique peuvent être réduites. Cette dégradation affecte aussi la biodiversité du sol — bactéries, champignons, vers de terre et autres organismes — qui joue pourtant un rôle essentiel dans la décomposition de la matière organique et la transformation des polluants. Certains pesticides peuvent altérer cette vie souterraine, fragilisant encore les mécanismes naturels d’atténuation [6].

Les changements climatiques accentuent ces vulnérabilités. Des épisodes de pluies intenses favorisent des infiltrations rapides, parfois préférentielles, qui court-circuitent les mécanismes de filtration. À l’inverse, les sécheresses prolongées perturbent l’activité microbienne et modifient la structure des sols.

Il serait donc illusoire de considérer la zone non saturée comme une protection infaillible. Elle constitue une barrière efficace dans de nombreuses situations, mais peut être dépassée lorsque les pressions chimiques, physiques et climatiques excèdent ses capacités de résilience, autrement dit, ses capacités à revenir à son état initial après avoir été grandement perturbée.

Les nappes souterraines représentent une ressource stratégique pour l’alimentation en eau potable. Dans certaines régions, elles fournissent l’essentiel de l’eau distribuée aux habitants. Or, une fois qu’une nappe est contaminée, sa restauration peut prendre des années, voire plusieurs décennies. La lenteur des transferts souterrains implique également un décalage temporel. Une contamination introduite aujourd’hui dans le sol peut n’atteindre la nappe que bien plus tard. Ce temps long rend la gestion de la qualité de l’eau particulièrement complexe et peu prévisible.

La zone non saturée joue donc un rôle d’interface critique, une zone de contact entre deux milieux où se produisent des phénomènes importants ou sensibles, ici, entre nos activités de surface et la ressource en eau souterraine. Elle constitue un espace de régulation, mais aussi un espace de mémoire des pressions exercées sur les sols.

Transformation, accumulation et mémoire

Si les capacités naturelles d’atténuation sont dépassées, nitrates et pesticides peuvent atteindre les nappes souterraines. Mais même lorsqu’ils sont retenus (adsorbés), ils ne disparaissent pas nécessairement. La zone non saturée peut devenir une zone d’accumulation.

Sa capacité d’adsorption n’est pas infinie. Une modification des conditions hydriques ou chimiques peut remobiliser des composés auparavant stockés. De plus, l’activité microbienne dépend de nombreux facteurs : disponibilité en matière organique, humidité, température, teneur en oxygène.

En tant que réacteur biogéochimique, la zone non saturée peut modifier la structure chimique des molécules. Certaines sont partiellement dégradées, d’autres transformées en produits intermédiaires, parfois plus mobiles ou plus persistants (résistants dans l’environnement) [7]. Cette réactivité conditionne directement la qualité future des eaux souterraines.

« Un sol compacté par le passage répété d’engins agricoles, appauvri en matière organique ou soumis à une érosion importante perd progressivement une partie de ses fonctions. »

La zone non saturée possède également une inertie [2] : les transferts sont lents, et les effets des pratiques de surface peuvent n’apparaître en nappe que des années plus tard. À l’inverse, certaines contaminations actuelles peuvent être l’héritage d’usages anciens. Elle fonctionne ainsi comme un espace de mémoire des pressions exercées sur les sols.

Comprendre cette dynamique suppose d’aller au-delà de la simple mesure des concentrations. Les scientifiques mobilisent aujourd’hui des approches isotopiques permettant de distinguer dilution et transformation réelle, et de mieux diagnostiquer les processus en jeu. Cependant, comme cet organe invisible ne présente pas de signes vitaux directement observables, son diagnostic reste complexe.

Une protection précieuse mais fragile

Il serait illusoire de considérer la zone non saturée comme une protection infaillible. Un sol compacté, appauvri en matière organique ou soumis à l’érosion perd une partie de ses fonctions. Les épisodes de pluies intenses peuvent favoriser des infiltrations rapides qui court-circuitent certains mécanismes d’atténuation, tandis que les périodes de sécheresse prolongée modifient l’activité microbienne.

Les nappes souterraines représentent pourtant une ressource stratégique pour l’alimentation en eau potable. Une fois contaminées, leur restauration peut nécessiter des années, voire plusieurs décennies. La lenteur des transferts souterrains renforce la difficulté d’action : on ne soigne pas facilement un organe que l’on ne peut ni observer directement ni diagnostiquer avec précision.

Préserver les sols pour protéger l'eau : quels sont les leviers ?

Reconnaître le rôle central de la zone non saturée conduit à considérer le sol comme un écosystème à part entière. Maintenir une bonne structure, limiter la compaction, préserver la biodiversité microbienne et adapter l’usage des intrants chimiques (les produits que l’on ajoute volontairement) renforcent ses capacités régulatrices.

Les pratiques agricoles évoluent dans ce sens à travers l’agroécologie et l’agriculture biologique, en intégrant des pratiques durables de couverture des sols, de réduction du travail mécanique intensif ou encore la gestion raisonnée des intrants. À l’échelle des territoires, la protection des aires d’alimentation de captage et l’évolution vers des pratiques agroécologiques contribuent à préserver cet organe invisible du paysage. Protéger la qualité de l’eau potable commence dans ce continuum souterrain, où la zone non saturée agit comme un réacteur lent dont les transformations déterminent la persistance, et où l’atténuation des polluants autour des captages d’eau potable constitue également un outil majeur. Toutefois, au-delà des mesures techniques, il s’agit surtout d’un changement de regard. Le sol ne doit plus être perçu uniquement comme un support de production ou de construction, mais comme un écosystème complexe aux fonctions essentielles pour la société.

Une sentinelle à rendre visible

La zone non saturée, située entre la surface des sols et la nappe phréatique, constitue un compartiment clé longtemps négligé du cycle de l’eau. Gardienne invisible et silencieuse de la ressource, elle joue le rôle fondamental de filtre, de tampon et de mémoire des pratiques humaines. À court terme, elle atténue et transforme une partie des pollutions diffuses, protégeant la ressource en eau potable ; à long terme, elle intègre et restitue lentement les traces des usages passés, parfois sur plusieurs décennies. Véritable « organe du paysage », elle oeuvre constamment à l’épuration de nos pratiques, mais ne peut être soignée une fois dégradée. C’est à nous, garants de sa santé, de la protéger en amont par des choix d’usages et de pratiques adaptés à ses capacités. Comprendre son fonctionnement, ses temps de réponse et ses limites est donc un enjeu scientifique, sanitaire et politique majeur pour anticiper les trajectoires de contamination, guider les transitions agricoles et garantir durablement la qualité des eaux souterraines.

Financeurs : Projet TOPENSUZ financé par l’ANSES, l’Agence de l’eau Adour-Garonne, l’Agence de l’eau Rhin-Meuse.

Bibliographie

[1] Dahan O. (2020), « Vadose zone monitoring as a key to groundwater protection », Frontiers in Water, 2, 599569. DOI : https://doi.org/10.3389/frwa.2020.599569.

[2] Sebilo M., Mayer B., Nicolardot B., Pinay G. et Mariotti A. (2013), « Long-term fate of nitrate fertilizer in agricultural soils », Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 110 (45), p. 18185–18189. DOI : https://doi.org/10.1073/pnas.1305372110.

[3] Hintze S., Cochand F., Glauser G. et Hunkeler D. (2024), « Soil and unsaturated zone as a long-term source for pesticide metabolites in groundwater », Water Research, 261, 121901. DOI : https://doi.org/10.1016/j.watres.2024.121901

[4] Alvarez Zaldívar P., Payraudeau S., Meite F., Masbou J. et Imfeld G. (2018), « Pesticide degradation and export losses at the catchment scale: Insights from compound specific isotope analysis (CSIA) », Water Research, 139, p. 198–207. DOI : https://doi.org/10.1016/j.watres.2018.03.061

[5] Payraudeau S., Alvarez-Zaldívar P., van Dijk P. et Imfeld G. (2025), « Constraining topsoil pesticide degradation in a conceptual distributed catchment model with compound-specific isotope analysis (CSIA) », Hydrology and Earth System Sciences, 29, p. 4179–4197. DOI : https://doi.org/10.5194/hess-29-4179-2025

[6] Steiner, M. (2024), « Effects of pesticides on soil bacterial, fungal and protist communities and ecosystem functions », Journal of Ecology & Environment, 46 (1).

[6] Imfeld, G. et Flury, M. (2006), « Molecule specific assessment of pesticide fate in soil: A review », Journal of Environmental Quality, 35, p. 1349–1376.

Modifié le 02/07/2026

DOI: 10.59655/nh52122995495